Сложно говорить про "всегда", но иногда это действительно так. Один вариант, когда жанровые рамки противопоставляют супергероя некоей преступной сети. Сама мощная преступная сеть по довольно общим соображениям не может возникнуть на ровном месте - для этого необходима плохая работа правоохранительных органов. Чаще всего оказывается, что руководство полиции коррумпировано (см. вселенную "Бэтмен"), так что неудивительно, что силовые структуры также противодействуют супергерою. Второй вариант, когда супергерой просто оказывается возмутителем спокойствия (это тоже жанровая особенность) в некоем тихом месте, и правоохранительные органы пытаются восстановить спокойствие. Обычно, конечно, имеет место некая комбинация факторов 1 и 2.
Потому что Супергерои занимаются тем, что называется "Суд Линча", а это незаконно. А полиция борется за соблюдения закона. Поймать преступника - не главная задача)
Человек-паук, например, нарушает правила пешеходного движения, ну или, если вам угодно, несанкционированно занимает воздушное пространство. А полиция злится из-за того, что не может его оштрафовать.