Это способ самовыражения для авторов таких программ.
Хорошая музыка в таких программах могла свидетельствовать о мастерстве её разработчика.
Как правило, использовалась электронная музыка. Существует даже библиотека музыки для кейгенов: keygenmusic.net
Во-первых, раньше вставлять музыку в кейген считалось очень крутым, это была своего рода подпись автора, доказательство его мастерства и профессионализма. Ну, а во-вторых, так веселее)