Почему в фильме «Зови меня своим именем» Оливер в конце женился, если он был влюблён в Элио, который так же отвечал ему взаимностью?

Думаю, все обусловлено временем, в которое развиваются события: 1983 год (по книге - 1987).

Вы не задавались вопросом, почему на протяжении всего фильма Оливер и Элио скрывали свои отношения? Прятались ото всех? Потому что тогда многие страны были не столь либеральны в вопросах, касающихся однополых отношений. Во многих государствах (в том числе и в США, откуда и приехал Оливер) вовсе сохранялось уголовное преследование геев. 

Лишь в 90-ые, а более всего в первое десятилетие нового века международное правозащитное гей-движение начало набирать обороты. Так что все как всегда: Оливер и Элио влюбились не в то время, не в том месте.