Мне кажется, что авторы намеренно сделали Нео и Тринити несколько андрогинными. Не знаю, лежит ли в основнове этого выбора идея трансгендерности, но для меня в этом всегда был немного другой смысл. Нео и Тринити резко отличаются как от людей Матрицы, так и от людей Зиона. Зион, в моем понимании, тоже часть Матрицы, просто другой уровень (собственно, неожиданно проявившиеся в какой-то момент в мире Зиона "матричные" способности Нео - тому косвенное доказательство). Сексуальность и всё, что с ней связано, один из эффективных способов управления жителями Матрицы. (Меровинген это прекрасно демонстрирует)) Нео и Тринити - другие. Это не значит, что они полностью асексуальны, просто этот "поводок" на них не действует.
Наверняка лежит , если учесть что братья Вачовски со временем стали сестрами Вачовски.