Зачинателем Реформации и протестантизма традиционно считается Мартин Лютер. Однако, лет за 100 до него читал свои проповеди декан философского факультета Пражского университета Ян Гус. Во многом его идеи, критика существующего католицизма совпадали с тем, что позже выдвигал Лютер. Ещё, однако, не последнюю роль играло всё более разрастающееся засилье немцев в стране, на что Я. Гус также старался обратить внимание. Дальше его осудили, несмотря на обещания императора Священной Римской империи. В ответ начались Гуситские войны, которые имели как религиозную составляющую, так и являлись своего рода национально-освободительным движением. Радикальная часть гуситов потерпела поражение, но умеренные последователи остались в стране.
Когда началась Реформация, идеи протестантизма нашли в Чехии-Богемии благодатную почву, и в итоге начался их синтез со старыми гуситскими идеями.
В 1618 году протестантизм доминировал в Чехии. Но габсбургские правители старались его подавить. В итоге это привело к жуткой Тридцатилетней войне. Для Чехии это была и война за религию, и за национальную независимость. Соответственно, поражение в битве при Белой горе чехи воспринимали и воспринимают примерно так же как сербы свою неудачу в битве на Косовом поле - как национальное поражение. После этого на 300 лет утвердилось засилье Габсбургов и немецкое иго.
Разорённую и обезлюдевшую страну Габсбурги силой вернули в лоно католической церкви. Те, кто не желал отречься от протестантизма, были вынуждены бежать. Но с тех пор католические священники воспринимались весьма скептически - как вещающие и проповедующие от имени оккупантов.
Разумеется, не последнюю роль сыграло, что из всех земель образовавшейся позже Австрийской империи, Чехия-Богемия стала одним из самых передовых промышленно-развитых регионов. А вот скажем, в преимущественно сельской Словакии (хотя там и не было таких перипетий, что у западных родственников) влияние церкви сохранилось значительно больше.