Почему у каждой нации(общины) есть своя церковь (например польская католическая церковь)? В чем различие? Ведь религия одна?

В вашем примере различий нет - поместные Католические Церкви ничем друг от друга не отличаются и все подчиняются Папе. Но есть восточные Церкви (например, Сиро-Малабарская), у них свой обряд (не латинский, как в Европе) и есть глава поместной Церкви - патриарх или верховный архиепископ, который избирается синодом этой Церкви, но утверждается Папой и ему подчиняется.

А вот православные Церкви очень даже отличаются. Их, если не ошибаюсь, 16, и все независимые. Некоторые из них живут по григорианскому календарю, некоторые по юлианскому. Одни возглавляет патриарх, другие - архиепископ. В отличие от католиков, соединяющих в единой Католической Церкви десяток обрядов, у православных, при одном и том же обряде единства нет.