Всё дело в банальной логистике. До какого-то филиала довести препарат немного дороже, чем до другого. Потому и цены разнятся буквально в несколько рублей (в пределах одной аптечной сети)
В центр города легче всего привезти, но там самая высокая цена. На край сложнее, но дёшево.