Это разные науки.
Мифология относится к филологии, этнографии, фольклористике. Теология - философская отрасль.
Мифология изучает мифы, это наука о фольклоре как архаичной форме понимания мира. Теология изучает и объясняет определённую религию.
Теолог чаще всего верит в догмы, которые изучает. Он постигает богословие, анализирует тексты культа, чтобы объяснить их и найти в них логику. Его конечная цель - реклама своей религии, её защита, теолог стремится доказать, что его вера - единственно правильная.
Мифолог, наоборот, смотрит на миф со стороны как на фичу исторического этапа какого-либо этноса. Он сравнивает фольклор разных народов, находя в них сходства и отличия. Так же, анализируя мифы, ученый может описать способ жизни их носителей - их традиции, общественный строй, этические нормы, психологию, ремёсла. Мифология как литература - древний вид искусства. Никто не заявляет о их правдивости.
И ещё прочтите "Диалектика мифа" Лосева...