Еще одно возможное объяснение заключается в том, что европейцы создавали разные колонии с разными целями: колонии в Северной Америке создавались с целью переселения туда на постоянной основе, в то время как колонии в Южной Америке создавались с целью получения доступа к природным ресурсам. Эту гипотезу выдвигают Асемоглу с соавторами здесь: mit.edu
Они объясняют разные стратегии тем, что колонисты сталкивались с разными условиями и разной смертностью: в более похожей на Европу Северной Америке смертность была ниже, и поселиться там было проще, в то время как в Латинской Америке смертность была выше, и поселиться на постоянной основе там было сложнее.
Если говорить упрощенно, в тех местах, где колонисты собирались обосноваться надолго, они создавали "хорошие" институты (например, защита прав собственности, экономическая политика, ориентированная на долгосрочное развитие, и т.п.). А вот в тех местах, где европейцы не собирались селиться, они создавали "плохие" экстрактивные институты (которые позволяли легко отобрать все ресурсы и увезти из домой).
Институты - штука очень устойчивая, и менять их сложно. В результате в Северной Америке сохранились "хорошие" институты, позволившие ей развиваться; а вот в Южной Америке остались "плохие" институты, препятствующие экономическому росту.
Правда, отмечу, что это всего лишь одна из нескольких разумных гипотез, и точного ответа не знает никто.