Думаю, такой странный выбор места входа в Тайную комнату вовсе не странный.
Во-первых, никому и в голову не пришло бы искать этот вход в женском туалете.
Во-вторых, учителя не заходят в туалет учениц. Поэтому там легко быть незамеченным для директора и профессоров. Ровно как постеснялись бы зайти в него и мальчишки, которые могли бы разобраться с василиском.
В-третьих, женский туалет ближе всего к подземельям, а значит путь к василиску довольно короток.
В-четвертых, Слизерин считал девочек слабыми и трусливыми. Они не смогли бы выдержать драку и убежали бы в испуге, только увидев темный тоннель.
В-пятых, змеи любят воду, а Миртл постоянно затапливала женский туалет, что нравилось василиску.