Проблема известная. Как правило такое бывает, когда сайт выполнен и даже сдан заказчику, но для него не произведена SEO-оптимизация. Не найдя соответствующих настроек, мета-описаний и прочих необходимых для понимания поисковыми алгоритмами сути сайта, роботы его попросту "выплёвывают" из выдачи. Кстати, такое часто возможно, даже при заказа сайта у специалиста. Ведь далеко не все разработчики работают с поисковой стратегией сайта.
Скорее всего он может быть закрыт от индексации. Это наиболее распространенная история. Но бывает, что ресурс находится под санкциями поисковой машины и тогда все гораздо серьезнее.