Все зависит от структуры частицы, которая образует вещество: тип решетки, диаметр атомов, длина связи между частицами и т.д. Так же большую роль играет глубина окисления. Например, катион хрома в степени окисления +3 имеет грязно-зеленый цвет, а вот в дихромате (с.о. +6) уже оранжевый.
Строение молекулы играет большую роль, например, простые вещества, образованные одним элементом (аллотропные модификации) коллосально отличаются друг друга. Кислород (О2) бесцветный, без запаха, а озон (О3) имеет бледно-голубой цвет и характерный ему запах свежести после грозы, так же он обладает бактерицидным действием.
Белый, красный и черный фосфор это тоже аллотропные модификации одного элемента, но они отличаются друг от друга типом кристаллической решетки. У белого фосфора решетка молекулярная, а у красного и черного – атомная.
Приведу в пример простые вещества галогены (VIIА группа). Сверху вниз по группе увеличивается радиус атома, при этом уменьшаются неметаллические свойства, электроотрицательность, а также цвет и агрегатное состояние простых веществ. Фтор – светло-желтый газ, хлор – желто-зеленый газ, бром – темно-красная жидкость, йод – фиолетовые кристаллы.