Я думаю, что он понимал, что после ее общения с гептаподами она по-другому воспринимает время и знает будущее. То есть, она знала, что их ребенок будет болеть и умрет, но, похоже, не рассказала ему об этом. И, видимо, он не смог смириться с мыслью о том, что она смирилась с тем, что все предначертано, и она не стремится изменить это, избежать этого горя.
Там была такая сцена: Луиза объясняла дочери, что Йен не смог понять и принять смерть Анны в будущем. Луиза знала итог, и согласилась на него добровольно, а Йен оказался растерен и не готов к будущему.