Программа на Python - это, по сути, скрипт, который выполняет другая программа. Этой другой программой является сам интерпретатор, который вы устанавливаете, перед тем, как начать программировать на Python.
Возьмём для сравнения программу, написанную на языке С. После её написания она должна пройти процедуру компиляции, после чего может запускаться самостоятельно, без каких либо дополнительных программ.
Эти различия и обуславливают разницу в скорости работы.
Интересный факт: сам стандартный интерпретатор Python тоже является скомпилированной программой, написанной на языке С.
Тем не менее, отставая в скорости выполнения, Python имеет много других плюсов, по сравнению с компилируемыми языками программирования.