Ответ очень простой - при Наполеоне Москва была лишь исторической столицей, потеря которой сильно била по репутации, но не мешала воевать дальше - ведь весь императорский двор находился в Питере.
Во времена Гитлера ситуация была совсем другой. Мало того что Москва была первым по населению и вторым по промышленности центром страны, но и самым крупным железно-дорожным узлом, на который была завязана огромная часть военной и экономической логистики, потеря которого скорее всего закончилась бы катастрофой.