Точное происхождение этих слов, увы, неизвестно, но мы можем обратиться к наиболее вероятным и общепризнанным теориям. Русский мат происходит из славянского языка (реконструированный праиндоевропейский), а конкретнее:
Нецензурная форма мужского детородного органа имеет праиндоевропейский корень "skeu", означающий "побег", "отросток", отсюда литовское слово "skuja" - "хвоя". У нас в дальнейшем оно преобразовалось в славянское "хй", ну а сейчас мы видим современную версию с буквой "у".
Что касается женского влагалища, то здесь столь же древний корень "pizd-eH", то есть "вульва". В литовском оно звучит как "piza", в албанском, например - "pith".