Потому что одни из главных архитектурных стилей Санкт-Петербурга - это классицизм и ампир. Если вы посмотрите на фото зданий в этом стиле, то они почти все желтые, белые и бежевые. Это цвет не только Санкт-Петербурга, но и всех городов в которых превалируют эти стили.
А в романе Достоевского Петербург желтый, потому что это цвет болезни и безысходности. Таким он видит Петербург и всё, что в нем происходит.
"Жёлтый Петербург" - один из важных образов у Достоевского. В романах писателя он вызывает чувство подавленности, угнетённости, психического кризиса. Это символ болезни, нищеты и убожества жизни.