Как тут уже написали "святейший" это титулование.
В Российской империи, как и везде, существовали определенные формы титулования в зависимости от титула, сана и чина. И не дай Бог было ошибиться в низшую сторону при обращении. Или запутаться в низшую сторону если, например, человек по чину имел более низкое титулование, чем по его положению среди дворян.
К дьякону, например, нужно было обращаться "Ваше Боголюбие". Это не значит, что остальные не любили Бога.
Просто таково сословное общество, оно требовало пышных слов.
Когда вы сейчас в суде обязаны по закону обращаться к судье "Ваша честь" или "Уважаемый суд", ничего не удивляет, не возмущает? Даже если вы не считаете судью честным и не уважаете, обязаны так обращаться. И это не делает судью честным и суд уважаемым в реальности. Не возносит над действительно честными людьми у которых нет титулов.
Относительно сравнений с Богом и святителем Николаем Чудотворцем, то лучше сравнивать уж тогда с молитвами, с которыми обращаются к ним.
Бог не просто святой, например, но одно из самых частых обращений взятых из Библии: Святый Боже, Святый Крепкий, Святый Безсмертный. Так ни одного патриарха не вспоминают. Можно открыть акафист Николаю Чудотворцу и увидеть не несколько строк титулования, как у патриарха, а несколько страниц разных эпитетов ))
Так что все нормально, всем похвал хватит.
Потому что слово "святейший" - это просто часть титула, а "святой" - это признак того, что человек канонизирован Церковью. Это примерно, как "государь" и "милостивый государь".
"Святейший" в данном случае не означает принадлежности к лику святых, это просто принятое в Церкви титулование, обращение: "Святейший Патриарх", относящееся не к личности Патриарха, а к его титулу.