В русском и индоарийских языках достаточно много похожих слов, но конкретно в данном случае это всего лишь совпадение. Слово "рупия" происходит от санскритского слова, означающего либо "хорошо слаженный", либо "отштампованный". А слово "рубль" происходит от глагола "рубить", так как изначально рубль считался как бы обрубком гривны (имеется в виду, естественно, не современная денежная единица Украины, а слиток серебра весом около полуфунта).
Есть мнение, что эти слова имеют общее - индоевропейское происхождение. Точно также похожи "брат" и "бхратар", "дверь" и "двар" и многие другие слова.
Общность языкового происхождения объясняет похожесть слов.