Скорее всего, потому, что иногда русские узнавали о той или иной стране не от самих представителей этих стран, а от кого-нибудь другого. Такие слова называются экзоэтнонимами, то есть это обозначения, не совпадающие с самоназванием. Например, слово "Китай" попало в русский язык через Среднюю Азию, поскольку у тех Китай ассоциировался с кочевниками-киданями. Кидани когда-то основали династию Ляо, но потом были свергнуты и часть их ушла в Среднюю Азию, где они поставили в зависимость от себя правителей из династии Караханидов в XII веке. Собственно, их имя "кидань" со временем трансформировалось в "китай". В европейских языках Китай называется China, Chin, что, видимо, восходит к названию династии Цин. Или, например, слово "Греция": многие труды греческих мыслителей дошли до нас в латинском переводе, где эллины обозначались как 'graeci', поэтому весь мир их называет греками. Слово "Германия" тоже латинского происхождения.