Почему Навальный выбрал бойкот, как стратегию? К чему это приведет?

Навального довольно эффективно скрутили власти (совершенно незаконно и не порядочно, конечно).
Его осудили и лишили возможности участвовать в выборах, при этом оставили на свободе. Наверное, Навальный единственный в России человек с двумя условными судимостями находящийся на свободе. Это делают намеренно — популярный политик который не может конкурировать в легальной плоскости будет вынужденно бомбить по своим и демотивировать своих единомышленников от участия в политическом процессе по навязанным правилам.
По человечески это можно понять, чтобы действовать иначе нужно быть Нельсоном Манделой.

Навальный не Нельсон Мандела, потому на выборах в Госдуму сначала угрохал ПАРНАС и не поддержал союзников, а сейчас, на выборах президента, предложил бойкот. Понять его можно — популярный политик несправедливо отстранён от участия в выборах, выход кажущийся естественным — отговорить своих сторонников участвовать в таких выборах. Похожим образом действовал в 2011 Борис Немцов, основав движение "нах-нах" после отстранения ПАРНАСа от парламентских выборов.

Последствия будут для оппозиции очень негативные. В истории нет случаев успешных бойкотов в системах без порога явки и ситуациях относительного спокойствия в стране.
При этом бойкоты неизменно приводят к демотивированию сторонников и отстранению активных оппозиционеров от политики в части выборов. На результатах выборов такие бойкоты сказываются слабо, ну вместо 65% явки и 70% за Путина будет 62% явка и 74% за Путина. На легитимность такой бойкот никак не повлияет.

Призыв к бойкоту от активной части оппозиции даст власти возможность спокойно пройти нервный для них момент президентских выборов. Именно в процессе выборов население готово слушать иные точки зрения, в истории известны примеры безнадёжных выборов которые выигрывались оппозицией несмотря на полный контроль властью ТВ, силовых структур и избирательных комиссий и огромный отрыв в начале короткой кампании (например, референдум в Чили в 1988 году).
Но в 2018 году оппозиция будет занята спорами про бойкот, какая-то часть поддержит бойкот и проигнорирует выборы, иная устанет от ругани и скандалов и не будет ничего делать для усиления оппозиционных кандидатов и ослабления Путина.

Последствия будут и долгосрочные: много лет оппозиции будет сложно успешно выступать на выборах любых уровней даже в Москве и Петербурге, потому что у активных людей оппозиционных взглядов которые не сидят целыми днями в твиттере отпечатается в сознании месседж "выборы ничего не решают и ничего ими изменить нельзя". Упадёт фандрайзинг на оппозиционные кампании, снизится количество желающих избираться и волонтёрить на выборах.

Бойкот к которому призывает Навальный — большой удар по оппозиции