Почему на деревьях растут черные точки, - что это такое?

Скорее всего дерево подверглось нападению вредителей. Возможно, это щитовка. Бороться с ней необходимо незамедлительно, подробнее о методах противодействия можете узнать здесь - https://zelen-na-podokonnike.ru/frukty/vyrashhivanie-limona-iz-kostochki-v-domashnih-usloviyah#i-10