Я считаю, что наиболее распространенной причиной, является наша богатая фантазия. Человек представляет, что сейчас из ванны/коридора/зеркала кто-то вылезет и непременно его сожрёт.
Практически все проблемы идут с детства, к боязни темноты это тоже относится. Ребенку может приснится кошмар и он испугается, родители часто оставляли его одного дома, или же пугали всякими бабайками. ( Не стоит забывать, что у всех всё - индивидуально).
Еще, я могу предположить, что это связанно с инстинктом самосохранения. Мы не очень хорошо видим в темноте, а значит, человек не может трезво оценить ситуацию, в безопасности ли он сейчас. Этакая боязнь "неизвестного".