Почему милосердный Бог затопил всю Землю за грехи людей?

Бог не только милосердный, в Нём еще есть и другие качества, например справедливость, праведность, правосудность. Он Судья, Воздаятель и т.д.
  Есть времена, ситуации, когда что то выходит на первый план, затем на первый план выходит другое. Милость превозносится над судом, но она суд Божий не упраздняет. 

"Потоп" как некое глобальное действие ждет землян в будущем - всему свое время как говорил Соломон. Мы к этому "глобализму" идем. Как это будет происходить - это тайна, а Бог Свои тайны не открывает всем подряд. Но предупреждения оставил:

4 Ибо, если Бог ангелов согрешивших не пощадил, но, связав узами адского мрака, предал блюсти на суд для наказания;
5 и если не пощадил первого мира, но в восьми душах сохранил семейство Ноя, проповедника правды, когда навел потоп на мир нечестивых;
6 и если города Содомские и Гоморрские, осудив на истребление, превратил в пепел, показав пример будущим нечестивцам,
7 а праведного Лота, утомленного обращением между людьми неистово развратными, избавил
8 (ибо сей праведник, живя между ними, ежедневно мучился в праведной душе, видя и слыша дела беззаконные) -
9 то, конечно, знает Господь, как избавлять благочестивых от искушения, а беззаконников соблюдать ко дню суда, для наказания,
10 а наипаче тех, которые идут вслед скверных похотей плоти, презирают начальства, дерзки, своевольны и не страшатся злословить высших,
11 тогда как и Ангелы, превосходя их крепостью и силою, не произносят на них пред Господом укоризненного суда.
12 Они, как бессловесные животные, водимые природою, рожденные на уловление и истребление, злословя то, чего не понимают, в растлении своем истребятся.
13 Они получат возмездие за беззаконие, ибо они полагают удовольствие во вседневной роскоши; срамники и осквернители, они наслаждаются обманами своими, пиршествуя с вами.
14 Глаза у них исполнены любострастия и непрестанного греха; они прельщают неутвержденные души; сердце их приучено к любостяжанию: это сыны проклятия.
15 Оставив прямой путь, они заблудились, идя по следам Валаама, который возлюбил мзду неправедную,
16 но был обличен в своем беззаконии: бессловесная ослица, проговорив человеческим голосом, остановила безумие пророка.
17 Это безводные источники, облака и мглы, гонимые бурею: им приготовлен мрак вечной тьмы.
18 Ибо, произнося надутое пустословие, они уловляют в плотские похоти и разврат тех, которые едва отстали от находящихся в заблуждении.
19 Обещают им свободу, будучи сами рабы тления; ибо, кто кем побежден, тот тому и раб.
20 Ибо если, избегнув скверн мира чрез познание Господа и Спасителя нашего Иисуса Христа, опять запутываются в них и побеждаются ими, то последнее бывает для таковых хуже первого.
21 Лучше бы им не познать пути правды, нежели, познав, возвратиться назад от преданной им святой заповеди.
22 Но с ними случается по верной пословице: пес возвращается на свою блевотину, и: вымытая свинья идет валяться в грязи.
(2Пет.2:4-22)