Во-первых, стоит упомянуть, что история майя делится на несколько периодов: доклассический, классический и постклассический. Фактически, в загадочный упадок пришла только цивилизация классического периода 3-9 веков нашей эры - к этому периоду мы относим большинство построенных городов в Центральной и Западной части Юкатана. Однако также стоит заметить, что и после этого коллапса майя смогли восстановить свою цивилизацию и простоять вплоть до испанского вторжения. Хотя, увы, такой мощи в культурном, социальном и политическом плане цивилизация постклассики уже не достигала, да и география городов переместилась с Центра на Север.
Во-вторых, вопрос о причинах гибели цивилизации майя является достаточно спорным и дискуссионным. Существует ряд самых вероятных версий, однако пока что они являются лишь только рабочими гипотезами. Теоретически, версии о том, чем был вызван коллапс майя можно разделить на три основные группы:
Сторонники первой группы отстаивают позицию, что коллапс майя связан с катастрофическим изменением климата или разрушением экологической среды. Это самая популярная версия в СМИ и научно-популярных сообществах и книгах. Чаще всего говорят о том, что в результате продолжительной засухи несовершенная сельскохозяйственная система майя не смогла прокормить многочисленное население крупных городов, после чего жители покинули насиженные места. Однако эта версия имеет очень серьёзное противоречие. Да, действительно, засуха оказала весьма губительную роль на большое количество регионов, но едва ли её можно назвать основной причиной гибели цивилизации майя - в Северных районах Юкатана, где засуха приобрела значение реально серьёзной катастрофы, города быстро восстановились и переживали расцвет примерно в то же время, как в Центральных районах все города были покинуты. Более того, в районе Петешбатун мы наблюдаем стремительный упадок, однако никаких признаков засухи там не было.
В связи с несостоятельностью версии о засухе, выдвигаются гипотезы, объясняющие коллапс майя социальными и военно-политическими кризисами или внешним вторжением. Сюда относят и популярную в научных кругах ХХ века теорию о восстании угнетенных низов, и теорию о внешнем военном вторжении, и теорию о том, что коллапс вызвала длительная междоусобная война. Но большинство исследователей все же уверены в том, что все эти события если и имели место быть, то носили скорее локальный характер и не могли являются причиной для крушения всей классической цивилизации.
Существуют также комплексные гипотезы, которые являются самыми адекватными объяснениями кризиса и гибели майя классики. Согласно этим гипотезам, коллапс вызвало несколько причин: ослабленная междоусобными войнами цивилизация майя не смогла справиться с кризисом, вызванным засухой и внешними вторжениями, в результате чего и пришла в упадок с течением времени.