Повторю свой ответ отсюда (thequestion.ru), потому, что ни один из приведенных ответов к сожалению не является точным.
Вкратце потому, что цена определяется, в первую очередь спросом и предложением, а только во вторую очередь себестоимостью.
Если интересно более полно, то тут нужно вдаваться в саму бизнес-модель стыковочных перевозок, и она состоит из нескольких факторов, основным конечно является повышение заполняемости кресел как можно более дорогими пассажирами:
- Стремление конкурировать на направлениях, где АК не представлена прямыми рейсами.
Например: авиакомпания, летающая по маршруту Москва-Вена, не представлена на направлении Москва-Рим, и предлагая билеты Москва-Вена-Рим, она забирает себе часть пассажиропотока со второго, но так как перевозка с пересадкой менее комфортна, авиакомпания предлагает более дешевый тариф.
- Предложить билеты на непопулярные маршруты.
Например: есть небольшой но стабильный пассажиропоток, между, скажем Нижним Новгородом и Краснодаром. С одной стороны этот поток стабилен, с другой стороны недостаточен для окупаемости прямого рейса, но платежеспособный спрос присутствует. Соответственно авиакомпания так группирует свое расписание, чтобы интервал между скажем рейсом Нижний Новогород - Москва и Москва - Краснодар, был минимальным. И предлагает таким пассажирам билет с минимальной стыковкой в Москве. При этом большая часть пассажиров в этих самолетов не осуществляет стыковки в Москве.
- Вместе с партнерами-конкурентами предлагать единый билет сразу в несколько городов одной страны. Актуально для дальнемагистральных перелетов, где нет возможности использовать эффективно среднемагистральные ВС.
Например, российская авиакомпания, с широкой сетью полетов из Москвы, по России предлагает полеты, допустим Москва - Нью-Йорк, плюс американская авиакомпания предлагает билеты Москва - Нью Йорк, с широкой сетью по США, соответственно договорившись, они могет предлагать сквозные билеты Города России (-) Москва - Нью-Йорк (-) Города России, и с двумя пересадками добраться до любого города. В Результате выигрывают все пассажир и обе авиакомпании.
- Актуально для небольших или бедных стран и небольших авиакомпаний: Подвоз пассажиров в крупный хаб, для других более крпных авиакомпаний.
Например: у вас есть небольшая и не очень богатая страна, допустим Молдавия.
Но вы не можете обеспечить прямые рейсы между Кишиневом и всеми городами мира, соответсвенно вы находите себе более крпного партнера, например Люфтганзу, и договариваетесь о стыковке в главном хабе во Франкфурте-на-Майне, и начинаете предлагать своим пассажирам билеты по всему свету, со стыковской в этом городе.