Это куда более сложные процессы, чем кажется:
Начнем с того, что Испания дробила свои колонии на более мелкие единицы, чтобы было легче управлять, и чтобы было сложнее поднять всебщее восстание.
Такое деление и привело к тому, что разные территории имели разное самосознание, которое привязывалось не к нации, а к колониальной автономии и к самому губернатору колонии. А каждый губернатор был у себя на уме и имел свои планы на развитие колоний. Конфликты между колониями были обычным делом в те времена, и они длились не одно мгновение, а поколениями.
К тому же коренное население, которое вступало в браки с колонистами, прививало свои ценности. Те же мексиканцы - это испано-ацтеки, а перуанцы - инко-испанцы
Что имеем на выходе - кучу наций-метисов, имеющих свои ценности и взгляды. Например, Колумбия и Венесуэлла - соседи, бывшие частью даже одной колониальной автономии. Тем не менее они враги. Аргентина воевала с Чили, хотя они были частью одной автономии, то же самое и про Перу-Эквадор и прочее.
Между ними такие противоречия копились с поколениями, что они, говоря на одном языке, являются уже заклятыми врагами.
В теори они все могли бы существовать в федерации, но внутренние конфликты свели бы все усилия по единению на нет.