Здесь орудует чистая физика. Всё дело в длине волны, которая воспринимается в качестве цвета. Изначально источники красного света начали использовать для предупредительных или запрещающих сигналов, потому что у красного спектра самая большая длина волны из видимого человеческому глазу электромагнитного спектра излучения. Благодаря этому свойству в плохую погоду - ливень, туман и тд - энергия красного света гораздо меньше поглощается средой и его лучше всего видно. А так как важнее предупредить о запрете, чем о разрешении, красному была передана почетная миссия выступать в качестве запрещающего или предупреждающего света, что позже ассоциативно нашло своё отражение уже в использовании красного цвета для маркировки запрета или предупреждения по аналогии со светом.
Зелёный свет находится в середине видимого спектра, он имеет меньшую длину волны, чем красный (но большую, чем у синего) и сильнее поглощается средой, соответственно, его хуже видно при плохих погодных условиях. По этой причине он играет второстепенную, разрешающую роль в системе оповещения. Это также нашло своё отражение и в использовании зеленого цвета для обозначения разрешения или согласия.
Ниоткуда. Это как деньги - при виде 500-долларовой купюры у человека начинают появлятся ассоциации (не всегда здоровые) - просто потому, что люди так договорились. Так же и цвет.