Никто не отделял, просто так исторически сложилось, что взаимодействия на атомно-молекулярном уровне изучают под вывеской "Химия". А так науки уже давно более сегментированы чем просто Химия, Физика или Механика, и иногда человек со стороны может и не определить к какой глобальной вывеске относится то или иное исследование, а изнутри это не так важно.