Капсулы и не должны заменить таблетки. Это разные лекарственные формы с разными целями и задачами. Например, в капсулу можно упаковать жидкое лекарственное вещество, в то время как с таблеткой это невозможно. Также в капсулы помещают вещества с, например, неприятным вкусом - это проще и надёжнее, чем дополнительно подбирать для таблеток улучшители вкуса или ароматизаторы, а потом дополнительно исследовать, влияют ли они на лекарственное вещество и его взаимодействие с организмом. Также оболочка капсул может защищать содержимое от растворения в желудке, что позволяет доставить лекарственное вещество в кишечник, где оно и начнёт всасываться (хотя точно так же работают и таблетки, покрытые кишечнорастворимой оболочкой).
Зато современные таблетки благодаря своей сложной внутренней структуре из слоёв, пор и различных оболочек позволяют достигать эффектов, недоступных капсулам - например, с замедленным или постепенным высвобождением лекарственного вещества, или с последовательным высвобождением нескольких доз вещества по мере растворения таблетки (что позволяет принимать такую таблетку один раз в день вместо, скажем, трёх раз для обычной таблетки с тем же веществом). Да даже простые жевательные или шипучие таблетки тоже сложно заменить капсулами.
Всё чаще встречается также и комбинированное использование этих лекарственных форм для увеличения эффективности действия, когда микрокапсулы помещают между слоями таблетки, либо несколько небольших таблеток - в капсулу.