В силу того, что они формировались в разных условиях, с помощью различных процессов и состоят из различных химических элементов, обладая разной кристаллической решёткой.
Фактически одинакового у минералов это как раз стабильность, конкретный химический состав и наличие кристаллической решётки. Всё остальное разное, поэтому и они все разные.
Даже природа цвета может быть различной - у каких-то камней это примеси, у каких-то оптические эффекты из-за особенностей структуры итп итд