Во всем виноваты падежи. Во всех падежах латыни, кроме именительного, эта "н" появляется - например, Neronis, Neroni, Neronem.
В данном случае, в русский язык они передаются основой, определяемой родительным падежом, так как это имена третьего склонения. Существительные с основой на -n передаются в русский с -н. Так же, как Cicerio - Ciceronis - Цицерон. А где-то окончания просто отбрасывают или пользуются другими правилами. -us всегда отбрасывают, -ius меняют на -ий. Marcus Tullius - Марк Туллий, Gaius Iulius - Гай Юлий. И Nero Claudius - Нерон Клавдий.
Русский при транскрибации пользуются, в основном, немецкими традициями. Но и влияние греческого сказалось - там тоже Нерон (Νέρων).