Почему iPhone 4s на iOS 9 работает хуже, чем iPhone 5 на iOS 10? Ведь по идее,это последние версии ОС для этих устройств и работать они должны одинакого?

Отнюдь! Техническая начинка в iPhone 5 гораздо лучше iPhone 4s, например, 5-ая версия имеет уже не 512 мб, а 1 гб ОЗУ и не одноядерный процессор A5, а целый двухъядерный А6, к тому же Apple заявляет, что они учли ошибки предыдущих версий и гораздо лучше оптимизировали iOS 10 для старых устройств.