Как заявляет создатель мультфильма: "Персонаж, который носит одежду - может разговаривать и владеть другими животными, в качестве домашних питомцев. Остальные же ведут себя, как обычные четвероногие"
Потому что Гуфи был задуман как антропоморфный персонаж, а Плуто - одна из немногих в этой вселенной, обычная собака. Ну, не совсем обычная: мимика там, мысли. Но все же.