Цвет облаков зависит от их плотности и способности пропускать свет, грозовые облака в разы плотнее обычных, они поглощают непорядок больше света чем менее плотные кучевые или перьистые которые в основном отражают и/или пропускают свет через себя.
Так же грозовые облака по всей видимости отражают фиолетовый и синий цвет в большей степени чем остальные цвета по этому они выглядят синими ( но в этом я не уверен)