Так получилось, что для выражения понятия "отсутствие чего-либо" в русском языке есть два слова: "ничто" и "ничего". Последнее из них, по-видимому, образовалось из родительного падежа слова " ничто" и стало полноценным словом, а не лишь формой (т.е. произошла "лексикализация").
Поскольку появились два слова, значащих одно и то же, они с дальнейшим развитием русского язвка приобрели оттенки значения и разную сочетаемость. Слова поделили между собой эти оттенки значения и сочетаемость (стали синонимами). И так с использованием этих слов в разговорной речи отождествдение человека с "ничто" стало оскорбительным (буквально "ничтожество "). "Ничего" же стало каким-то подобием наречия со смыслами "хорош, норм" ("а ты ничего") и " неплохо, нормально" ( - Как дела?
- Ничего)
Ох уж этот богатый русский язык
Могу предположить, что под фразой "а ты ничего" понимается смысл отсутствия отрицательных черт характера или внешности того субъекта, к которому она адресована
Я не лингвист, но осмелюсь предположить, что смысл этого выражения похож на и, возможно, просходит от английского "not bad" (неплохо) и в этом случае "а ты ничего" приобретает значение "а ты неплох"