Причины очень специфичны и зависят от страны и времени. Если кратко - в Римской империи их стали притеснять т.к они четко придерживались иудаизма и не почитали римских богов. Это главное. Ну а так как на обломках Римской Империи появилась вся Европа, это вошло в традицию многих народов. Поэтому их ненавидела вся христианская Европа в Средние века.
К этому стоит добавить что евреи очень хорошо ассимилируются, они очень сплочены, традиции воспитания в семьях очень крепки, они фактически не пьют, шарят в экономике и смежных областях (на взгляд многих это ничем не обусловленный стереотип, но это как-то работает). Поэтому многие страны в плане конкуренции не выдерживали появление бизнеса еврейских диаспор. Думаю, это основное. Для большинства народов такая ненависть - умозрительная традиция в духе деления на "чужие - свои".