Двоичный код крайне прост, ведь тут всего 2 состояния 0 и 1. Любая другая система содержит промежуточные состояния, которые уже сложнее передать и принять, так что как способ передачи он наиболее удобен.
Второе. Передаваемая информация не будет завязана на чем-то земном. Т. Е. Транслируется не какой то язык, а набор базовых констант, что привлечёт внимание ведь они не могут быть все естественного происхождения и этт смогут расшифровать. А это даст им ключ к дешифровеке остального послания. Которое будет содержать условные обозначения, понятные всем, основанные на алгебре логики,которые помогут им понять более сложные аспекты сообщения, т. е им от простого к сложному подведут к основной информации и способу её понимания. (отлично показано в фильме "Контакт", когда человечество расшифровывает сигнал)
Неплохой пример выстраивания языка с чуждым разумом представлен в "Эдеме" Станислава Лема.