Конечно есть научное обоснование. Так, при "скрещивании" родственных особей в гетерогаметное состояние могут перейти гены, ранее имеющиеся в репрессированном состоянии у обоих родителей, отвечающие за развитие тех или иных патологий. Суть в том, что у неродственных особей не так много таких "совпадающих" генов, нежели, естественно, у родственников.
"в репрессированном состоянии"? Может, все-таки в рецессивном? :D