Неизвестно.
Эволюцию алфавита в виде именно упорядоченного набора знаков можно проследить до финикийцев. Дальше вглубь веков и тысячелетий уже источников меньше. То есть переформулировать вопрос стоит так: откуда финикийцы взяли этот набор букв?
Собственно, что мы знаем: буквы, как именно запись звука, существовали еще у древних египтян наряду с иероглифами, пиктограммами и символами, обозначающими слоги. То, что мы видим в качестве египетского алфавита - это уже доработки ученых; у египтян упорядоченный набор знаков если был, то не сохранился. Самым древним из найденных алфавитов считается угаритский (тоже семитский язык, близок к финикийскому). Так вот угаритский алфавит похож на финикийский, но немного отлчается от него начертанием, порядком букв и содержит больше знаков. Это говорит о том, что в этом регионе таки существовала некая традиция записи последовательности букв. Причем традиция именно местная, западносемитская, потому что с египетским алфавитом по символам пересечений практически нет.
Идем дальше: думаю, многие знают, что в финикийсом алфавите название каждой буквы что-то значило: алеф - бык, бет - дом, гимель - верблюд, далет - дверь и так далее. Кто знает иврит, может в этом легко убедиться. Собственно, графическое обозначение букв похоже на сами предметы.
Так вот, можно предположить (всего лишь предположить), что последовательность букв имела сакральное значение (как в принципе письмо в древнем мире было сакральным), и западносемитский верховный бог Ваал как раз часто изображается в образе быка и является сыном зооморфного бога-быка. Возможно поэтому буква "алеф" первой.
Но, повторю, все это беспочвенные догадки, и правильный ответ - неизвестно.
А есть на the Q люди, которые могут в холивары по поводу дохристианской письменности славян?
Б — буки. Т.е. "буквы".