Все зависит от множества различных факторов, которые вкупе и выдают конечную цену.
Во главе факторов стоит популярность направления (влияет на регулярность). Рассмотрим для примера регулярный рейс из непопулярного города А в непопулярный город Б. Рейс осуществляется раз в неделю (ну потому что надо предоставить людям возможность быстро добраться из А в Б). Самолет большой, а желающих летать мало. Как окупать расходы авиакомпании? Правильно - повысить цену перелета.
Второй немаловажный фактор - расстояние. От расстояния напрямую зависит тип воздушного судна, которое нужно для осуществления перелета. Рассмотрим в качестве примера регулярный рейс из Санкт-Петербурга в Москву. Направление сугубо популярное. Расстояние между городами по авиационным меркам маленькое, поэтому самолет нужен небольшой (типовых А320 хватит за глаза), топлива за весь перелет расходуется относительно мало. Отсюда и цена в 2 тысячи рублей за тикет.
И еще один фактор, который тоже очень важен, это конкуренция авиакомпаний по данному направлению. Традиционно приведу пример. Из Москвы в Санкт-Петербург летает не только Аэрофлот, но и еще добрая десятка авиакомпаний. Чем они подкупают пассажиров? Правильно - выгодной ценой. Но и грех не упомянуть про рейс Москва - Владивосток. Расстояние - огроменное (~6400 тысяч километров между городами по воздуху). Конкуренции нету - все рейсы выполняет Аэрофлот и его дочка - авиакомпания Россия. Даже с учетом дальневосточной субсидии стоимость перелета составляет 12 тысяч рублей.