Во избежание Чернобыля и Фукусимы повышают безопасность проектов АЭС, а от того, где она находится - под землей или над нею, разницы особой нет. Хотя в СССР были проекты подземных АЭС, и один из перерабатывающих комбинатов - Горно-химический комбинат в Железногорске, например, находится внутри горы. Кстати, про Фукусиму - если бы ее резервные дизель-генераторы были над поверхностью земли, их бы не затопило, станция бы не обесточилась и все было бы хорошо. На современных АЭС несколько степеней защиты, активные (то есть приводимые в действие операторами) и пассивные (то есть действующие за счет естественных физических процессов) системы безопасности, полностью исключающие аварии, которые случились на ЧАЭС и в Японии.
А еще экономика - объемные подземные работы требуют много затрат.