На самом деле какой-то особенной логики или тайного смысла в этом нет. Грубо говоря, есть такая вещь как мутация вируса и его различные модификации. Бывают типы вирусов, которые обнаруживаются в какой-то определенной локации, в связи с этим им присваивается какой-то номер или буквенный код, связанный с этим местом. Есть вирусы, над которыми проводились определенные эксперименты - у них также есть цифро-буквенные обозначения.
Если углубляться в науку, то цифро-буквенное обозначение - это такой своеобразный генетический паспорт. То есть, например, буква обозначает одну ветвь генетического древа вируса, цифра - другую ветвь и так далее.
Что касается того, используют ли вирусологи и эпидемиологи цифро-буквенные обозначения в общении между собой, то, надо сказать, что вирусологи и эпидемиологи иногда друг друга совсем не понимают, ведь одни больше с уклоном в науку, а другие - в статистику. Использование таких научных названий все же больше прерогатива вирусологии и генетики вирусов. Эпидемиологи всё-таки чаще используют общепринятые названия.