Колени могут ныть из-за неправильного выбора передач при езде. Затяжеление и выламывание, выбор сложных передач.
Научитесь использовать правильную частоту педалирования. Крутите минимум 60-70 оборотов в минуту. Первое время непривычно, но потом будете получать удавольствие от езды и забудете о болях в коленях.