Неправильное педалирование -- через силу. Неправильно подобранная высота сиденья -- нога не выпрямляется почти полностью при педалировании, или наоборот слишком выпрямляется.
Если случай не запущенный, то укрепление мышц ног. Ни в коем случае не полные приседания, когда нога полностью сгибается в колене. В основном укрепление мышц бедер, которые будут недопускать сужения суставной щели колена.
Если катания долгие и по жаре -- правильный режим питья. Если по холоду или дождю -- защита коленей от холода.