Оставлять корни на участке совсем не рекомендуется и корчевать лучше сразу техникой после того как их спилили, но то что сделано то сделано =)
Я бы исходил из того что планируется в зонах где сейчас пни и их размеров. Мне предлагали после выезда инженера с Землечиста маленькие скорчевать вручную подрубая лапы ну а больших у меня и не было, НО если в зоне где корни будет например газон и не будет парковки или строений, то можно пнедробилкой срезать пень ниже земли на сантиметров 20. Эта такая самоходная машинка с диском спереди.
Опять же если у Вас в зоне где пни будет парковка или еще что-то для чего нужно будет изымать много грунта, то оставлять корни не очень хорошо. Опять же можно рассмотреть корчевку маленьким гусеничным трактором типа бобкэта