Для меня лично, главный недостаток PES - отсутствие лицензий многих клубов и лиг. Не смотря на то, что у японцев есть лицензированные ЛЧ, ЛЕ и Кубок Либертадорес (кстати, со следующего сезона соглашение с Konami заканчивается и, возможно, европейские клубные соревнования будут иметь лицензию уже в FIFA), EA явно впереди. Я люблю Английскую Премьер Лигу и мне не хочется играть всякими "Лондон Блю" и "Вэст Мидлэнд Страйпс". Отсутствие Бундеслиги также очень расстраивает.
Обилие лиг (а с 2009 года в FIFA есть РФПЛ) делают своё дело. Если PES и популярнее FIFA, то только в самой Японии, ибо японской лиги в FIFA нет.
Я уже 10 лет играю в обе эти серии. У японцев тоже были удачные игры, не смотря на всё вышесказанное. Это всегда альтернатива FIFA, но не полноценная замена.