При сбросе до заводских настроек речь о переустановке "встроенных и системных приложениях" не идёт (кстати, что в Вашем понимании есть "встроенные"?). Вы просто получаете аппарат с системой "из коробки", т.е. будто бы Вы только вскрыли аппарат из магазина.
Соответственно все установленные сторонние приложения, а также все данные и настройки с обновлениями (кроме ОС и оболочки) будут удалены.