Безусловно отличаются. MOBA - это довольно таки специфичный жанр, который находится на стыке РТС и ролевых игр, да и еще в мультиплеерном режиме и каноном карты. РТС же не имеет ограничений, кроме геймплея в реальном времени и наличия стратегических элементов ( постройка базы, добыча и расход ресурсов, управление подразделениями и т.д.).