Основа слова в древнегреческом языке определяется по родительному падежу (genitive)
Вероятнее всего русский вариант "Ксенофонт" был образован не от ὁ Ξενοφῶν (именительный падеж, 3 склонение), а от родительного падежа -τοῦ Ξενοφῶντος
Напомню парадигму:
Nominative ὁ Ξενοφῶν
Genitive τοῦ Ξενοφῶντος
Dative τῷ Ξενοφῶντῐ
Accusative τὸν Ξενοφῶντᾰ
Vocative Ξενοφῶν